《聯合報》報導教育部五月發文給地方教育局處，要求研議未來甄選國小校長時，將抽菸習慣納入遴選條件；花蓮縣教育處今年六月辦理國中小校長甄試時，已將此條款納入。
吳清基昨天在立院教育及文化委員會備詢時，遭朝野立委連番質疑。他鄭重澄清，抽菸是個人自由行為，教育部從來沒有規定要當校長不能抽菸；但現在高中以下校園全面禁菸，校長不宜在校園內或學生面前抽菸，否則可能違反《菸害防制法》。
衛生署菸害防制策進會去年十一月決議，建議教育部加強校園菸害防制，包括考量將「不吸菸」納入校長遴選資格的參考條件。教育部今年五月六日發文各縣市：「建議未來校長甄選時，研議將抽菸習慣納甄試簡章甄選條件，採漸進宣導方式，鼓勵有抽菸習慣的教師，如有參加校長甄選的生規規畫，宜將菸癮戒除，再參加校長甄選。」
吳清基澄清，五月發文給縣市政府，只是「建請、研議」，並沒有硬性規定抽菸者不能參加校長遴選。地方政府要將這項建議納入校長甄選中，還要透過座談、公聽會尋求到共識，才能執行。
吳清基表示，根據世界衛生組織統計，平均每六秒就有一人死於菸害，而在台灣，肺癌也是國人癌症死因的第一位；況且，老師身為教育人員，如果抽菸確實會帶給年輕學生不良的示範，教育部也才會提出這樣的建議，平面媒體指稱「癮君子不得當校長」的說法太過誇張。
